南寧市は古代には、百越の領土でした。始皇帝が、嶺南地域を統一した後は、桂林郡に属していました。前漢武帝の時代、南寧は玉林郡に属していました。東晋大興元年(318年)、大興郡が設置され、南寧は郡の役所でした。それから、南寧の行政制度が始まり、いままで1600年の歴史があります。
唐朝貞観8年(634年)、貞観6年(632年)という説もあり、唐太宗は、ここを邕(ヨン)州に改名しました。これは南寧の略称「邕(ヨン)」の始まりです。元豊3年(1080年)から、南寧市の人々は城壁を築き、城楼を建築し、溝を掘るという大工事を展開しました。城壁の輪郭は長円型で、南北が長くて、東西が狭い、古くから「縦は三点七里、横は七点三里」(1里は500m)と言われています。
元朝泰定元年(1324年)、元朝政府は邕(ヨン)州路を南彊安寧の意から、南寧路に改名しました。これが「南寧」という名前の由来になりました。
1958年、広西チワン族自治区が成立し、南寧市は自治区の首府になり、今に至っています。